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廢水的生物性指標有細菌總數、大腸菌群數、各種病原微生物和病毒等。醫院、肉類聯合加工企業等廢水排放前必須進行消毒處理，國家有關污水排放標準對此已經作出了規定。污水處理廠一般不對進水中的生物性指標進行檢測和控制，但對處理后的污水排放之前要進行消毒處理，以控制處理污水對受納水體的污染。如果對二級生物處理出水再進行深度處理后回用，就更需要在回用前進行消毒處理。
(1) 細菌總數：細菌總數可作為評價水質清潔程度和考核水凈化效果的指標，細菌總數增多說明水的消毒效果較差，但不能直接說明對人體的危害性有多大，必須結合糞大腸菌群數來判斷水質對人體的安全程度。
(2) 大腸菌群數：水中大腸菌群數可間接地表明水中含有腸道病菌（如傷寒、痢疾、霍亂等）存在的可能性，因此作為保證人體健康的衛生指標。污水回用做雜用水或景觀用水時，就有可能與人體接觸，此時必須檢測其中糞大腸菌群數。
(3) 各種病原微生物和病毒：許多病毒性疾病都可以通過水傳染，比如引起肝炎、小兒麻痹癥等疾病的病毒存在于人體的腸道中，通過病人糞便進入生活污水系統，再排入污水處理廠。污水處理工藝對這些病毒的去除作用有限，在將處理后污水排放時，如果受納水體的使用價值對這些病原微生物和病毒有特殊要求時，就需要消毒并進行檢測。
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